La parroquia Colonche se encuentra asentada sobre los yacimientos de una de las culturas más antiguas del Ecuador, fue poblada por indígenas y liderada por el Cacique Colonchi, valeroso guerrero, que propició la agricultura en su pueblo. Según las crónicas y escritos del italiano Girolamo Benzoni, Francisco Pizarro estuvo en Colonche por el año 1.531 y posiblemente fue quien descubrió este pueblo, habitado por la tribu Colonchi, quienes formaban parte del estado de los Huancavilcas. Tierra de Cacicazgos, esta comunidad durante el periodo colonial tuvo otros Caciques o Señores Principales, a quienes utilizaron los españoles como estrategias para dominar a los pueblos aborígenes, así en la península según la historia, el cacicazgo Cayche, fue uno de los primeros en este linaje. Antes del Cacique Colonchie encontramos al Cacique Chaune, que tenía las parcialidades de Chongón y Colonche, quien fue asesinado por disposición del Capitán, Juan Enríquez de Guzmán en el año 1.534 por presentar dura resistencia al conquistador Pedro de Alvarado.
En el año 1.567, Alonso Chaune, hijo del Rey Chonana fue Cacique de Chongón y Colonche, y contrajo matrimonio con María Cayche, Cacica de Chonana, Chongón y Colonche, en el año 1.568. María Cayche tiempo después, recibió el nombramiento de Cacica y Gobernadora de los pueblos: Daule, Baba, Pimocha, Chanduy y Yauco. Por el año 1.707, encontramos a María Hipólita, como Cacica Principal de Colonche.
Según la versión de Francisco Huerta Rendón, el vocablo Colonche se deriva de dos voces Cayapas: OLON, que significa Río y CHI, que sirve para llamar un arbusto llamado Figuerola, al unir Olón y Chi se deriva del vocablo OLONCHI, después se transformó en Colonchi y finalmente en Colonche, esto debido a que la tribu pasó por cuatro asentamientos, que dieron origen al cambio de su nombre.
El primer asentamiento de la Tribu de los “Colonchi” estaba situado en la desembocadura del antiguo Río de su nombre (hoy conocido como Río de Olón).
La tribu abandonó su primer asentamiento y se trasladó a su segundo sitio, llamado “Adoceao” o “Adaucao”. Este asentamiento estuvo situado en las cercanías de la Cordillera de Chongón o Colonche.
El tercer asentamiento estuvo situado cerca de la confluencia de dos pequeños ríos llamados “Javitas”, le dio la geografía, al unirse los dos ríos formaban el “Guangala” o “Río de los Colonches”, qué desembocaba en el Océano Pacífico.
El cuarto y último asentamiento fue en 1.700, los indígenas de Colonche decidieron comprar las tierras a la Corona española las tierras conocidas como Cununduy, tierras que en definitiva pertenecieron a sus ancestros y que fueron tomadas por los conquistadores y que al doblegar y vencer a la tribu, pasaron a ser propiedad del Rey de España, pagando por comprar las tierras 250 pesos, que fueron depositados en la tesorería de las Reales Rentas de Guayaquil, mientras que en el año de 1.710 Colonche adquiere la categoría de parroquia como Unidad Eclesiástica, dado un 25 de noviembre, desde entonces la iglesia lleva el nombre de Santa Catalina, construida en 1.700 a base de guayacán, bálsamo y laurel.